De cisterciënzers kwamen oorspronkelijk uit Frankrijk. Vanaf het eind van de 11de eeuw tot in de late Middeleeuwen was dit de grootste en belangrijkste kloosterorde die er bestond. Het museum laat de geschiedenis zien van de cisterciënzer Sint Bernardusabdij te Aduard, die tussen de 12e en de 16e eeuw beroemd werd door heel Europa. Het klooster werd gesticht in 1192. Toen troffen twaalf monniken onder leiding van de abt Wybrandus vanuit het moederklooster Klaarkamp te Rinsumageest bij Dokkum, ongeveer 10 km ten westen van de stad Groningen een verlaten wierde aan met de naam Adduwert of Adewerd. De kloosterkroniek vermeldt dat de broeders onder de indruk raakten van “lichtende verschijnselen” en deze ervaring zagen als een aanwijzing voor de vestiging.
Spoedig na de kloosterstichting begonnen ze aan hun eeuwenlange bemoeienis met de strijd tegen het water: een lange serie inpolderingen met bijbehorende bedijkingen, ontwatering door het plaatsen van sluizen en het graven van sloten en kanalen voor waterberging en scheepvaart. De meest indrukwekkende prestatie blijft toch het graven van het 8 km lange Aduarderdiep dat nog heden ten dage gebruikt wordt voor de scheepvaart. Ook zette de abdij drie steenbakkerijen op die in hoog tempo kloostermoppen produceerden, maar ook talrijke afwijkende steenvormen, geglazuurde tegels en ornamenten.
Rond 1300 was het omvangrijke kloostercomplex wel zo’n beetje klaar: de stenen uit de bakkerijen waren voortaan bestemd voor de handel en export. Naast haar activiteiten als nijverheid, handel, landwinning en waterbeheersing had de Sint Bernardusabdij reeds in de 13e eeuw een roep van vroomheid en geleerdheid. In 1297 besluit Emanuel, bisschop van het Italiaanse Cremona de verre reis over de Alpen te maken en als monnik in te treden in Aduard. Enig tientallen jaren daarvoor heeft Ricardus de Busto, professor aan de Sorbonne, de zelfde stap gezet.
In de tweede helft van de 15e eeuw verleent abt Hendrik van Rees gastvrijheid aan een aantal geleerde mannen die hun academische opleiding meestal voltooid hadden aan een universiteit in Noord Italië zoals Padua, Pavia of Ferrara. Hun ontmoetingen worden later aangeduid met “de Aduarder Kring”. Bekende deelnemers aan de gesprekken waren de theoloog Wessel Gansfort ( 1419-1489) en Rudolf Agricola ( 1444-1485) die nog enkele jaren de belangrijke functie van syndicus van de stad Groningen heeft bekleed. Hij schijnt te Deventer nog de kleine Erasmus die er de Latijnse school bezocht bemoedigend te hebben toegesproken. .
In 1594, met de Reformatie, kwam het einde voor de abdij: alle kloosters in Groningen werden afgeschaft. Uit de boedelbeschrijving bleek dat het klooster meer dan 6000 ha landbouwgrond in bezit had.